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饲养金钱龟的过程，容易因池水恶化、放养密度过高、大小龟混养、投饵不当、冻害和暑害等原因而引起龟生病或死亡。其主要的四种疾病及防治方法如下：
一、红脖子病。多发生在梅雨季节，病龟的腹部出现红色斑点，咽喉和颈部肿胀，脖子伸长而不能缩回，食欲减退，反应迟钝，病情严重时，口鼻出血，肠道发炎糜烂，全身红肿，不久死亡。防治应以隔离治疗为主，用生石灰消毒龟池，更换新水，用有效的抗生素治疗，每公斤龟在脚基部注射15万国际单位。
二、水霉病。最初病龟食欲减退，消瘦，活动不安，水霉菌易寄生于龟颈部及四肢、腹板及背甲，龟壳被腐蚀变软变薄，行动迟钝，最后死亡。发现该病时，应让病龟上陆地晒太阳，减少水霉菌滋生。龟池要全部换新水，用0.04%的食盐加0.04%的小苏打消毒杀菌；用3克/立方米治霉灵全池泼洒。
三、龟腐皮病。肉眼看到龟四肢、颈部、尾部、裙边等皮肤腐败，糜烂坏死，严重时四肢皮肤烂掉，爪也脱落，骨骼外露。发现该病应及时隔离，用10克/立方米磺胺类药物或抗生素浸洗龟体48小时，初发病，每周2~3次，1个月可治愈。每2周用0.4克/立方米鳖净药浴，可防止龟间互相咬伤，发生腐皮病。
四、毛霉菌病。病龟四肢、裙边等处出现斑点，早期表现在边缘部分，以后逐渐扩大，形成一块块白斑，使表皮坏死，部分崩解，食欲减退，躁动不安。该病一年四季均可发生，但以4~6月最流行。防治：①用生石灰彻底消毒龟池，经常使池水保持嫩绿色，可减少该病发生。②可用150克/立方米白斑净药浴15小时，当病龟体白斑全部脱落后，将药液排掉，重新放入新水至养殖水位。
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